翌年UC0093年2月にシャア・アズナブル総帥の宣戦布告とともに後に第2次ネオ・ジオン戦争と呼ばれるものが開戦します。
ニュータイプとしては二流であることを自覚していながらも認めたくないという自己との葛藤を人類最高のニュータイプと評価するアムロ・レイを倒すことにより証明しようとしたのです。
そう自分自身が納得するために・・・
ニュータイプ専用機の真紅のサザビーを駆るシャアはアムロと対峙したときに、基本性能ではるかに劣るリ・ガズィに対してファンネルを使用しなかったのです。
サイコ・フレームの情報を自ら連邦軍にリークすることによりアムロ・レイが基本設計をしたνガンダムが誕生します。
シャアは開戦後わずか5日後に地球連邦の首都チベットのラサに隕石落としを敢行します。
そして、シャア・アズナブルのアイデンティティが決着するときが訪れます。νガンダムで出動したアムロと対峙したシャアは打倒アムロのために戦いますが敗れてしまいます。
1年戦争の後、自身が潜伏したアクシズを地球に落下させることが成就することでアムロに対して勝利するということを宣したが、それさえもアムロに阻止されてしまいます。
そしてその後の行方はわかりません。
33年の歳月を自己確立のために駆け抜けた赤い彗星、その運命は一人の少年との出会いによって完結するのです。
彼自身が認めたアムロ・レイという一人の天才によって彼は天に召されたのでしょうか?
ネオ・ジオン宣戦布告での演説において
「私は、父ジオンの許に召されるであろう」
ここで彼自身の従来のアイデンティティである全人類を宇宙の民とすることを宣していますが、皮肉にもそれを阻止したのは、アースノイドから誕生したニュータイプ、アムロ・レイなのです。
人類の革新が宇宙に出ることで成し遂げられることは彼自身の手では立証できませんでした。
宇宙空間において彼の墓標はありません。
人々の記憶の中で赤い彗星は生き続けていくのです。



